La novela se desarrolla en el Akihabara de 2016, en la línea temporal en la que dejamos Steins;Gate. Tras graduarse en la universidad, Okabe industrializa el “Laboratorio de Aparatos Futuristas”, pero en realidad es Daru el que gana todo el dinero con ello y Okabe se limita a ganarse la vida aceptando peticiones detectivescas. Un día, la hija del casero, Nae, le pide a Okabe que investigue a su padre porque está comportándose de forma extraña. Sin embargo, Okabe recuerda sus experiencias en otras líneas temporales y está preocupado con el asunto. Antes de que le dé tiempo a tomar una decisión se encuentra con Suzuha, una chica que no debería existir en esa línea temporal.